Der Gesamtentwurf sah vor, die drei denkmalgeschützten Gebäude – Jügelbau, Naturkundemuseum und Alte Physik – miteinander zu einem zentralen Wissenschaftszentrum der Senckenberg Gesellschaft für Naturforschung zu vernetzen. Zentral dabei war, die Gebäude auch physisch zu verbinden: Dies gelang durch zwei gläserne Brücken zwischen Jügelbau, Museumsgebäude und Alter Physik. Die im Zweiten Weltkrieg beschädigten Gebäude waren durch den Architekten Ferdinand Kramer wiederaufgebaut und überformt worden. Die dabei verborgenen neobarocken Ornamente wurden nun wieder freigelegt, restauriert und teilweise ergänzt. Die Alte Physik und der Jügelbau, das ehemalige Hauptgebäude der Johann-Wolfgang-Goethe-Universität, wurden bis auf den Rohbau zurückgeführt und für die neue Forschungsnutzung hergerichtet; die Außenhüllen saniert. Die größte Herausforderung bestand in der Nutzungsänderung vom Universitätsgebäude zum modernen Forschungsgebäude, welches barrierefrei zugänglich sein und höchste technische Anforderungen erfüllen sollte. Die verschiedenen Zeitschichten sind heute erlebbar.